Secondo il pm della procura di Pisa, Antonio Giaconi, che sostiene l'accusa, il giudice per le indagini preliminari avrebbe "esorbitato dai suoi poteri", visto che nella sentenza di non luogo a procedere nei confronti del Logli, avrebbe formulato, si legge nella nota della procura, "una valutazione di merito del materiale probatorio acquisito e così esprimendo un giudizio di colpevolezza dell'imputato, anziché limitarsi a valutare se gli elementi acquisiti risultino insufficienti, contraddittori o comunque non idonei a sostenere l'accusa in giudizio".
Secondo la procura, invece, la Cassazione "ha più volte affermato che la decisione del Gup deve valutare solo se gli elementi raccolti sono sufficienti a sostenere l'accusa in giudizio e non un giudizio prognostico in esito al quale il giudice pervenga ad una valutazione di innocenza dell'imputato".
La procura contesta anche al giudice di aver "omesso di valutare l'irrazionalità e inverosimiglianza di eventuali ipotesi ricostruttive alternative a quella proposta dall'accusa, con conseguente, mancanza, manifesta illogicità e contraddittorietà della motivazione".
Da qui la scelta del pm di impugnare la sentenza davanti alla Cassazione.