Il decreto di archiviazione è stato emesso dal gip del tribunale di Firenze Angelo Pizzuti accogliendo le osservazioni dei pubblici ministeri. Il giudice in pratica ha concordato che non fossero elementi sufficienti per fondare l'accusa.
Ettore Incalza fu arrestato nel 2015 insieme all'imprenditore Stefano Perotti nell'ambito di un'inchiesta su un sistema di tangenti che avrebbe inquinato la costruzione di grandi opere pubbliche, molte commissionate dalle Ferrovie dello Stato, come le infrastrutture Av di Firenze. Nella stessa inchiesta, denominata appunto Sistema, furono indagate altre undici persone. Pesantissime le accuse: associazione a delinquere finalizzata alla corruzione, turbativa d'asta e delitti contro la pubblica amministrazione.
Il gip ha archiviato anche le indagini relative a una serie di singoli episodi, come la corruzione nell'affidamento della direzione dei lavori a società riconducibili a Perotti per il tunnel fiorentino dell'alta velocità (mai realizzato) e per la linea Tav fra Firenze e Bologna.
Archiviata l'accusa di inadempimento contrattuale da parte di Nodavia per i ritardi dei cantieri Av di Firenze e l'accusa di turbativa d'asta per il bando del collaudo definitivo dell'hub del porto di Trieste.
L'inchiesta resta comunque aperta su altri filoni di indagine.