Emanuela Carboni è romana e ha svolto vari incarichi per Acea, socio privato di maggioranza di Publiacqua, e per la stessa Publiacqua, dove ha lavorato nel settore ingegneria ed è stata responsabile del controllo degli investimenti dal 2006 al 2008.
Carboni è stata anche direttore dell'area idrica di Utilitalia dal 2014 al 2016 e, in precedenza, amministratore delegato di Acque spa e Acque servizi.