Le opere fino a pochi mesi fa erano conservate nel cenacolo del complesso di Santa Croce, una collocazione che le avrebbe esposte nuovamente al disastro qualora si ripetesse un evento alluvionale analogo a quello del 4 novembre del 1966. A quasi mezzo secolo di distanza, Firenze è una città ancora a rischio.
L'operazione ha avuto inizio nel 2010, quando le istituzioni fiorentine firmarono un accordo in cui si impegnavano a dotarsi di un piano per la messa in sicurezza delle opere, in caso di preallerta alluvione, con un preavviso di circa 18 ore.
L'Opera di Santa Croce, presieduta da Stefania Fuscagni, dopo aver schedato i capolavori sotto la sua tutela e aver preso atto dell'impossibilità di portarli tutti in salvo con un preavviso così breve, decise di procedere con il loro trasferimento in una collocazione piu' elevata e sicura all'interno della basilica.
Nel dicembre 2013 fu spostato dal cenacolo alla sagrestia il crocifisso di Cimabue. Tre mesi dopo tutte le altre opere.
Il nuovo allestimento, particolarmente suggestivo, è stato presentato dall'Opera di Santa Croce nel corso di un incontro pubblico al quale hanno partecipato anche il capo della protezione civile nazionale Franco Gabrielli e l'arcivescovo di Firenze, il cardinale Giuseppe Betori.