Pietro Pacciani morì il 22 febbraio 1998 per un malore, da solo, all'interno della sua abitazione. Stava aspettando il processo d'appello.
Quindici anni dopo, il 17 Luglio 2013, i suoi resti furono esumati da una tomba nel cimitero di Marcatale e trasferiti in un contenitore ancora oggi conservato in un deposito, in custodia cautelativa. Ma, da un momento all'altro, potrebbero essere trasferiti nella fossa comune.
La richiesta di evitare questo destino ai resti di Pacciani venne avanzata al Comune di San Casciano dal professor Maurizio Sozio
anche a nome di altri colleghi che sul web intervengono in forum dedicati al mostro di Firenze, entrato a far parte della storia della criminologia italiana. Il Comune rispose che gli studiosi avrebbero dovuto procurarsi un sorta di nulla osta delle figlie di Pacciani ma tutta l'operazione non ebbe seguito. Anche la Procura dette parere negativo.
''Invece si dovrebbe conservare la memoria storica di questa vicenda - ha spiegato Sozio - per evitare che un domani, per eventuali altre indagini, non si possa piu' disporre di materiali organici da cui prelevare il dna di Pacciani per poterlo confrontare con reperti di archivio''. ''Non c'è nessuna morbosità - ha precisato il docente - Disperdere i resti di Pacciani nella fossa comune significherebbe cancellare anni di indagini, sforzi investigativi e processi di una vicenda rimasta comunque controversa''.