Perotti è stato arrestato il 16 marzo insieme all'ex dirigente del Ministero delle Infrastrutture Ercole Incalza e ad altre due persone nell'inchiesta della procura fiorentina sulla corruzione negli appalti per le opere dell'alta velocità ferroviaria. Altre 47 persone sono invece indagate.
"Nessuna circostanza nuova ha modificato o attenuato il quadro indiziario esistente - ha scritto il gip nell'ordinanza Angelo Pezzuti - Al contrario le esigenze cautelari appaiono rafforzate dalle prime risultanze istruttorie successive all'esecuzione degli arresti".